El programa tiene como objetivo financiar y apoyar el desarrollo de centros de investigación de excelencia en Chile, incrementar calidad y cantidad de conocimiento colaborativo de frontera de carácter científico y tecnológico, en ciencias naturales y exactas, y ciencias sociales. Para ello financia actividades de investigación y desarrollo, formación de nuevos investigadores de excelencia, redes formales de colaboración científica y actividades de proyección al medio externo. Los centros se dividen en institutos y núcleos, diferenciados entre sí por la cantidad de investigadores, periodo y monto financiado, los cuales son seleccionados por un comité de evaluadores internacionales independientes y de alto nivel.