El programa se encarga de conservar los ecosistemas marinos y costeros asociados para que reduzcan su ritmo de pérdida y degradación de la biodiversidad y de los servicios ecosistémicos que entregan a la sociedad. Esto lo realiza a través de dos componentes, uno de Protección oficial para los ecosistemas marinos y costeros asociados que genera restricciones para el desarrollo de actividades socioeconómicas y reduce fuentes de presión o degradación a los componentes y procesos naturales en la zona. El segundo componente es la protección efectiva a través de la elaboración de un plan de manejo, elaborado por las instituciones involucradas y consultores especialistas en el ámbito, que incluye diagnósticos, estrategias, metas y de las acciones de conservación a implementar en los ecosistemas. De esta manera se logra generar condiciones favorables al ecosistema de manera que éste pueda mejorar o mantener sus poblaciones naturales, sus coberturas vegetacionales nativas, la calidad y diversidad, entre otros aspectos.