El programa busca que las Universidades que no se encuentran incluidas en el Art 1° DFL (Ed) N° 4 de 1981 y cuentan con gratuidad, aumenten el nivel de producción científica. Para esto, considera la entrega de recursos para fomentar la Investigación en las universidades privadas adscritas al sistema de Gratuidad y que no pertenecen al Consejo de Rectores de las Universidades Chilenas. El financiamiento se distribuye entre las universidades que cumplen con el criterio antes señalado y observando siete indicadores: acreditación en investigación, doctorados acreditados, planta académica, publicaciones, citas, proyectos y colaboración institucional, que se establecen en la Resolución Nº67 de 2016 y sus modificaciones.